Dalam Peraturan Menteri Pekerjaan Umum No. 15 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Departemen Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, telah jelaskan pula struktur organisasi Direktorat Pengembangan Kawasan Permukiman. Unit kerja yang ada di lingkungan Direktorat Pengembangan Kawasan Permukiman adalah:
Subdirektorat Perencanaan Teknis mempunyai tugas melaksanakan penyiapan penyusunan kebijakan dan strategi, perencanaan teknis, evaluasi dan pelaporan pengembangan kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, serta kawasan permukiman khusus.
Dalam melaksanakan tugas, Subdirektorat Perencanaan Teknis menyelenggarakan fungsi:
Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Subdirektorat Perencanaan Teknis didukung oleh Seksi Penyusunan Rencana yang mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan dan evaluasi kebijakan dan strategi serta penyusunan rencana program dan anggaran serta perencanaan teknis penyelenggaraan pengembangan kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, dan kawasan permukiman khusus. Seksi Analisa Teknis yang memiliki tugas melakukan penyiapan bahan analisa teknik, evaluasi, dan pelaporan serta pengelolaan data dan informasi penyelenggaraan kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, dan kawasan permukiman khusus.
Subdirektorat Kawasan Permukiman Perkotaan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan perumusan kebijakan, penyiapan pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis serta supervisi di bidang pengembangan kawasan permukiman perkotaan, fasilitasi penyediaan tanah, dan pengembangan jejaring kemitraan.
Dalam melaksanakan tugas, Subdirektorat Kawasan Permukiman Perkotaan menyelenggarakan fungsi:
Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Subdirektorat Kawasan Permukiman Perkotaan didukung oleh Seksi Kawasan Permukiman Perkotaan I mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi, fasilitasi penyediaan tanah serta fasilitasi serah terima aset kegiatan pembangunan dan pengembangan kawasan permukiman perkotaan di wilayah Pulau Sumatera dan Jawa. Seksi Kawasan Permukiman Perkotaan II mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi, fasilitasi penyediaan tanah serta fasilitasi serah terima aset kegiatan pembangunan dan pengembangan kawasan permukiman perkotaan di wilayah Pulau Kalimantan, Sulawesi, Bali, Nusa Tenggara, Maluku dan Papua.
Subdirektorat Kawasan Permukiman Perdesaan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan perumusan kebijakan, penyiapan pelaksanaan kebijakan, dan pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang pengembangan kawasan permukiman perdesaan, fasilitasi penyediaan tanah, dan pengembangan jejaring kemitraan.
Dalam melaksanakan tugas, Subdirektorat Kawasan Permukiman Perdesaan menyelenggarakan fungsi:
Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Subdirektorat Kawasan Permukiman Perdesaan didukung oleh Seksi Kawasan Permukiman Perdesaan I mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi, fasilitasi penyediaan tanah serta fasilitasi serah terima aset kegiatan pembangunan dan pengembangan kawasan permukiman perdesaan di wilayah Pulau Sumatera dan Jawa. Seksi Kawasan Permukiman Perdesaan II mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi, fasilitasi penyediaan tanah serta fasilitasi serah terima aset kegiatan pembangunan dan pengembangan kawasan permukiman perdesaan di wilayah Pulau Kalimantan, Sulawesi, Bali, Nusa Tenggara, Maluku dan Papua.
Subdirektorat Kawasan Permukiman Khusus mempunyai tugas melaksanakan pembinaan teknis, pengawasan teknis, dan fasilitasi dalam penyelenggaraan kawasan permukiman pada kawasan khusus meliputi kawasan perbatasan, pulau-pulau kecil terluar, rawan bencana, pasca bencana, dan kawasan tertentu yang ditetapkan oleh peraturan perundang-undangan serta pengembangan inovasi, dan jejaring kemitraan.
Dalam melaksanakan tugas, Subdirektorat Kawasan Permukiman Khusus menyelenggarakan fungsi:
Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Subdirektorat Kawasan Permukiman Khusus didukung oleh Seksi Kawasan Permukiman Khusus I mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi dan fasilitasi penyediaan tanah dan serah terima aset dalam penyelenggaraan kawasan permukiman kawasan khusus serta pengkajian dan penyusunan inovasi, pengembangan jejaring kemitraan dalam rangka kegiatan pembangunan pengembangan kawasan permukiman pada wilayah Pulau Sumatera dan Jawa. Seksi Kawasan Permukiman Khusus II mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan penyusunan kebijakan, pelaksanaan pembangunan, pemberian bimbingan teknis, supervisi dan fasilitasi penyediaan tanah dan serah terima aset dalam penyelenggaraan kawasan permukiman kawasan khusus serta pengkajian dan penyusunan inovasi, pengembangan jejaring kemitraan dalam rangka kegiatan pembangunan pengembangan kawasan permukiman pada wilayah pulau Kalimantan, Sulawesi, Bali, Nusa Tenggara, Maluku dan Papua.
Subdirektorat Standardisasi dan Kelembagaan mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan penyebarluasan norma, standar, prosedur, dan kriteria, serta pembinaan pemberdayaan masyarakat, pembinaan kelembagaan, pembinaan sumber daya manusia di bidang kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, dan kawasan permukiman khusus.
Dalam melaksanakan tugas, Subdirektorat Standardisasi dan Kelembagaan menyelenggarakan fungsi:
Untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Subdirektorat Standardisasi dan Kelembagaan didukung oleh Seksi Standardisasi mempunyai tugas melaksanakan penyiapan bahan, pemberian bimbingan penyusunan dan penyebarluasan norma, standar, prosedur, dan kriteria bidang penyelenggaraan pengembangan kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, dan kawasan permukiman khusus. Seksi Kelembagaaan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan peningkatan kapasitas kelembagaan, sumber daya manusia, dan pemberdayaan masyarakat di bidang penyelenggaraan kawasan permukiman perkotaan, kawasan permukiman perdesaan, dan kawasan permukiman khusus.
Subbagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan kepegawaian, keuangan, fasilitasi penyelesaian temuan LHP dan tuntutan ganti rugi, perlengkapan, rumah tangga, pengelolaan barang milik negara, tata persuratan dan kearsipan serta koordinasi administrasi direktorat.